مهم ترین جریان‌های فکری اسلامی در اندونزی، جریان اسلام سنتی، اصلاح‌طلبی دینی و جریان روشنفکری یا الهیات لیبرال است. جریان اسلام سنتی، میراث دار فرهنگ اسلامی، جریان اصلاح طلبی دینی تحت تأثیر مراکز اسلامی در خاورمیانه مانند مکه، مدینه و قاهره و جریان روشنفکری دینی یا الهیات لیبرال تحت تأثیر اندیشمندان نو اندیش مسلمان مانند فضل الرحمان است.

سنتری. عنوان طلاب علوم دینی در مؤسسات آموزشیِ اسلامیِ پِسَنترِن و یکی از جریانهای اسلامی- فرهنگی در اندونزی.

شورای منطقه‌ای دعوت اسلامی در جنوب شرقی آسیا و اقیانوسیه. سازمانی غیر دولتی و غیر انتفاعی در مالزی با هدف تبلیغ اسلام در جنوب شرقی آسیا و اقیانوسیه.